波多黎各政府為三權分立聯邦制：行政部門、立法部門、與司法部門。其中行政部門由民選總督領導（相當於州長），也是波多黎各最高行政長官；立法部門為兩院制波多黎各立法議會，由參議院和眾議院組成；司法部門大法官由總督提名經參議院同意任命。波多黎各司法體制為混合歐陸法系和英美法系，因為之前西班牙為歐陸法系但美國則為英美法系。總督和議員為直接民選，每任任期四年。波多黎各共劃分為78個市（municipalities），分別選出自己的市長和市議會。
波多黎各政治定位
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波多黎各仍為美國的一個「未合併領土」，但其人口數量超過其中的22個州（其它四個美國「未合併領土」的人口數量均小於人口最少的懷俄明州）。如果波多黎各成為美國的其中一個州，其可以在美國眾議院及參議院各有4席及2席，在總統大選中擁有6張選舉人票。
2012年11月6日，波多黎各公投61%贊成成為美國第51州。這是舉行的類似公投中的第四次；前三次贊成建州者均未達到多數。此次公投由兩輪投票構成。在第一輪中，波多黎各人就「在與美國關係上是否想改變現狀」進行投票。180萬人具有投票資格，有6.5萬人放棄了第一輪投票，在參加投票的人中，54%的人支持改變關係。隨後，波多黎各人就如何作出改變進行選擇，有「成為美國一州」、「擴大自治權」和「完全獨立」三個選項供投票者選擇。在此輪投票中，只有130萬人進行投票，最終61%的民眾支持成為美國第51個州，33%希望擴大自治權，而僅有5%的人贊成完全獨立。但尚需美國國會通過才能真正成為一州。
波多黎各的現狀很難在短時間內改變。長達一個世紀以上的美國管轄使得波多黎各在經濟上嚴重依賴美國，其傳統拉丁文化和語言也嚴重美國化，更多人使用英語。老一代的獨立派幾乎絕跡，獨立派也已經非常少。主流是維持現狀派和建州派。近幾年的經濟衰退及糟糕的財政赤字又使得建州派增長迅速。惟波多黎各政府現在不穩定的財政措施，以及瀕臨破產與經濟蕭條，美國作為管理者並不想收入囊中，使得美國的波多黎各雖有加入意願，但建州的路趨於困難。
投票權
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波多黎各人將在美國總統大選同一日選出總督。島上的居民雖是美國國籍，但在境內沒有美國總統投票權，只有移居美國本土的居民才可以擁有投票權。波多黎各人可以參與兩黨總統候選人的黨內初選代表選舉。反之，儘管美國公民移居海外者可以在外國的大使館等進行缺席投票，但是任何美國人移居波多黎各後將喪失美國總統選舉投票權（等同波多黎各人），除非以後再次回到本土居住。波多黎各選舉產生波多黎各居民代表可以到美國政治體系，雖是波多黎各在美國眾議院的代表，但僅有發言權而沒有表決權。
公民權
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波多黎各的美國國籍是1917年美國國會通過的瓊斯法案（英語：Jones–Shafroth Act）的一個部分而給予波多黎各人的，是美國國會賦予美國法律在波多黎各的衍生。100年以來，實際操作上波多黎各的美國國籍與美國聯邦的美國國籍沒什麼不一樣，但是理論上存在與美國憲法上賦予的屬於聯邦地區的公民權不一樣的可能性。當時該法案是幫助美國招募島上男丁參加第一次世界大戰而產生的。由於理論上波多黎各的美國公民權是美國國會賦予而不是美國憲法賦予，使得是否存在國會可以在將來剝奪波多黎各的美國公民權之可能性存在爭議。1998 Jennifer Efron 入稟美國最高法院來確認其出身在波多黎各的人的美國籍是否是可以被撤銷的。美國最高法院最後不出意料的拒絕審理此案。[7]類似的法案來自美國關島和美屬薩摩亞等其他領地也被最高法院拒絕審理而不置可否。考慮到在美國出生的波多黎各人已經比在島上的波多黎各人口多很多倍，且他們都有國會和總統投票權，使得這種爭議的結果在將來實際發生可能性微乎其微。該爭議最終會以將來波多黎各加入美國聯邦或獨立而解決，但是可能需要很長時間。有意思的是很多美國人不知道波多黎各是他們的同胞，因此偶爾在日常生活中仍有身分上的糾紛[8]。
重要政黨
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人民民主黨（Partido Popular Democrático, PPD），成立於1938年。主張維持波多黎各「自由聯合」地位，要求在美國主權下成立地方自治政府。成員與民主黨有連繫。
新進步黨（Partido Nuevo Progresista, PNP），1967年成立。主張波多黎各成為美國的一個州。成員分別與民主黨及共和黨有連繫。
波多黎各獨立黨（Partido Independentista Puertorriqueño, PIP），1946年成立。主張波多黎各獨立，建立社會主義國家，已消退。
波多黎各同時也有美國民主黨和共和黨的分部。很特別的是波多黎各民主黨和共和黨黨員可以同時為人民民主黨和新進步黨的黨員。波多黎各人民民主黨（維持現狀派）的黨員主要是美國民主黨黨員，而新進步黨則包括美國民主黨及共和黨黨員。更特別的是美國共和黨波多黎各分部卻是個百分之百的建州派。他們的分部原則中有提到「成為美國一州為波多黎各的目標」[9]。共和黨波多黎各分部女主席詹妮弗·岡薩雷斯還被美國共和黨評為拉丁裔模範黨員。[10]
在2016年11月總督選舉中，除了總督來自新進步黨，新進步黨還贏得波多黎各眾議院多數黨席位。[11]人民民主黨繼續維持多數縣市首長的職位。[12]
波多黎各統獨公投
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波多黎各一共有5次公投，最近一次公投於2017年6月11日在波多黎各舉行。公投結果不具法律效應，只是民意表達，最終還需美國國會同意才可。
前4次分別是1967年、1993年、1998年、2012年。
2017年的公投結果是97%希望「成為美國一州」，但是只有23%的波多黎各選民參與了此次公投。[13]